Authors: Fan B, Onteru SK, Mote BE, Serenius T, Stalder KJ, Rothschild MF
(Contact: bfan@iastate.edu ) Affiliation: Department of Animal Science and Center for Integrated Animal Genomics, Iowa State University, Ames, IA 50011, USA Title: Large-scale association study for structural soundness and leg locomotion traits in the pig Journal: Genetics, Selection, Evolution : GSE, 41: 14 (2009)
DOI :
10.1186/1297-9686-41-14 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Body length
Chr.1 : Asso:125489 , Asso:125490 , Asso:125496 , Asso:125497 . Chr.2 : Asso:125498 , Asso:125499 , Asso:125500 . Chr.4 : Asso:125493 , Asso:125501 , Asso:125502 . Chr.6 : Asso:125491 , Asso:125503 , Asso:125504 . Chr.7 : Asso:125494 . Chr.8 : Asso:125505 , Asso:125506 . Chr.9 : Asso:125507 , Asso:125508 , Asso:125509 . Chr.12 : Asso:125510 . Chr.13 : Asso:125511 . Chr.15 : Asso:125512 . Chr.16 : Asso:125492 . Chr.17 : Asso:125513 , Asso:125514 . Chr.18 : Asso:125515 .
QTL for Body depth
Chr.1 : Asso:125516 , Asso:125517 , Asso:125518 , Asso:125519 , Asso:125520 . Chr.2 : Asso:125495 , Asso:125521 , Asso:125522 , Asso:125523 , Asso:125524 . Chr.6 : Asso:125525 . Chr.7 : Asso:125526 . Chr.16 : Asso:125528 . Chr.17 : Asso:125529 , Asso:125530 . Chr.18 : Asso:125527 .
QTL for Body width
Chr.1 : Asso:125531 , Asso:125532 . Chr.2 : Asso:125534 , Asso:125542 , Asso:125543 , Asso:125544 . Chr.4 : Asso:125545 . Chr.5 : Asso:125546 . Chr.6 : Asso:125547 . Chr.7 : Asso:125548 . Chr.8 : Asso:125533 , Asso:125536 , Asso:125537 . Chr.11 : Asso:125538 , Asso:125539 . Chr.12 : Asso:125549 . Chr.13 : Asso:125540 . Chr.15 : Asso:125541 . Chr.16 : Asso:125535 , Asso:125550 .
QTL for Top line conformation
Chr.1 : Asso:125551 . Chr.4 : Asso:125554 . Chr.6 : Asso:125552 , Asso:125555 . Chr.13 : Asso:125556 . Chr.18 : Asso:125553 , Asso:125557 .
QTL for Hip structure
Chr.1 : Asso:125568 . Chr.2 : Asso:125564 , Asso:125569 , Asso:125570 . Chr.6 : Asso:125571 . Chr.7 : Asso:125572 . Chr.8 : Asso:125573 , Asso:125574 . Chr.9 : Asso:125558 , Asso:125559 , Asso:125560 , Asso:125561 , Asso:125562 , Asso:125565 , QTL:125742 , QTL:125745 . Chr.11 : Asso:125575 , Asso:125576 . Chr.13 : Asso:125566 , Asso:125567 . Chr.14 : Asso:125578 . Chr.16 : Asso:125563 . Chr.18 : Asso:125577 .
QTL for Rib shape
Chr.1 : Asso:125579 , Asso:125581 . Chr.2 : Asso:125582 , Asso:125583 , Asso:125584 . Chr.4 : Asso:125585 . Chr.6 : Asso:125586 . Chr.8 : Asso:125580 , Asso:125587 . Chr.9 : Asso:125588 . Chr.11 : Asso:125589 , Asso:125590 . Chr.13 : Asso:125591 . Chr.16 : Asso:125592 . Chr.18 : Asso:125593 .
QTL for Front leg conformation
Chr.1 : Asso:125595 , Asso:125596 , Asso:125678 . Chr.2 : Asso:125594 , Asso:125597 , Asso:125598 , Asso:125599 , Asso:125626 , Asso:125667 , Asso:125676 . Chr.3 : Asso:125679 . Chr.5 : Asso:125600 , Asso:125623 . Chr.6 : Asso:125621 , Asso:125628 , Asso:125629 . Chr.7 : Asso:125601 . Chr.8 : Asso:125602 , Asso:125680 . Chr.9 : Asso:125603 , Asso:125604 , Asso:125605 , Asso:125624 , Asso:125630 , Asso:125631 , Asso:125632 , Asso:125633 , Asso:125634 , QTL:125744 , QTL:125747 , QTL:125748 . Chr.11 : Asso:125616 , Asso:125681 . Chr.12 : Asso:125682 . Chr.13 : Asso:125606 , Asso:125622 , Asso:125625 , Asso:125635 , Asso:125683 . Chr.14 : Asso:125636 . Chr.16 : Asso:125627 , Asso:125637 . Chr.18 : Asso:125607 , Asso:125677 .
QTL for Hind leg conformation
Chr.1 : Asso:125609 , Asso:125610 . Chr.2 : Asso:125608 , Asso:125686 , Asso:125687 . Chr.4 : Asso:125611 , Asso:125615 , Asso:125638 . Chr.6 : Asso:125612 , Asso:125617 , Asso:125688 , Asso:125689 . Chr.7 : Asso:125645 , Asso:125646 . Chr.8 : Asso:125647 . Chr.9 : Asso:125639 , Asso:125640 , Asso:125641 , Asso:125642 , Asso:125648 , QTL:125743 , QTL:125746 . Chr.11 : Asso:125618 , Asso:125649 . Chr.13 : Asso:125643 , Asso:125650 , Asso:125651 , Asso:125690 . Chr.14 : Asso:125619 , Asso:125652 . Chr.15 : Asso:125684 . Chr.16 : Asso:125620 , Asso:125691 . Chr.17 : Asso:125644 , Asso:125685 , Asso:125692 , Asso:125693 . Chr.18 : Asso:125613 , Asso:125614 .
QTL for Front feet conformation
Chr.1 : Asso:125654 . Chr.2 : Asso:125658 . Chr.4 : Asso:125653 , Asso:125655 . Chr.5 : Asso:125656 , Asso:125659 . Chr.8 : Asso:125657 . Chr.9 : Asso:125660 , Asso:125661 , Asso:125662 . Chr.12 : Asso:125663 . Chr.13 : Asso:125664 . Chr.18 : Asso:125665 .
QTL for Hind feet conformation
Chr.1 : Asso:125668 . Chr.3 : Asso:125669 . Chr.4 : Asso:125670 , Asso:125671 . Chr.5 : Asso:125672 . Chr.6 : Asso:125673 , Asso:125674 . Chr.8 : Asso:125675 . Chr.13 : Asso:125666 .
QTL for Gait score (overall)
Chr.1 : Asso:125701 . Chr.2 : Asso:125702 , Asso:125703 . Chr.4 : Asso:125705 , Asso:125706 . Chr.5 : Asso:125707 . Chr.6 : Asso:125694 , Asso:125695 , Asso:125696 , Asso:125708 . Chr.8 : Asso:125697 . Chr.9 : Asso:125698 , Asso:125709 , Asso:125710 , Asso:125711 , Asso:125712 , Asso:125713 , QTL:125741 . Chr.11 : Asso:125714 . Chr.15 : Asso:125700 . Chr.16 : Asso:125704 , Asso:125715 . Chr.18 : Asso:125699 .
QTL for Front foot size
Chr.2 : Asso:125716 , Asso:125721 . Chr.3 : Asso:125717 . Chr.5 : Asso:125722 , Asso:125723 . Chr.6 : Asso:125718 , Asso:125724 . Chr.12 : Asso:125719 . Chr.13 : Asso:125725 . Chr.14 : Asso:125726 . Chr.16 : Asso:125727 . Chr.17 : Asso:125728 . Chr.18 : Asso:125720 .
QTL for Hind foot size
Chr.3 : Asso:125729 . Chr.4 : Asso:125733 . Chr.5 : Asso:125734 . Chr.6 : Asso:125735 . Chr.8 : Asso:125736 . Chr.11 : Asso:125730 , Asso:125731 . Chr.12 : Asso:125732 . Chr.14 : Asso:125737 , Asso:125738 . Chr.18 : Asso:125739 , Asso:125740 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (23) ,
Chr.2 (33) ,
Chr.3 (4) ,
Chr.4 (16) ,
Chr.5 (10) ,
Chr.6 (25) ,
Chr.7 (7) ,
Chr.8 (16) ,
Chr.9 (41) ,
Chr.11 (13) ,
Chr.12 (6) ,
Chr.13 (18) ,
Chr.14 (7) ,
Chr.15 (4) ,
Chr.16 (13) ,
Chr.17 (9) ,
Chr.18 (15) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Fan B, Onteru SK, Mote BE, Serenius T, Stalder KJ, Rothschild MF (2009). Large-scale association study for structural soundness and leg locomotion traits in the pig. Genetics, Selection, Evolution : GSE, 41: 14;
Curated into QTLdb on 2017-02-27. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=JsZh5L5CuG
OR
Fan B, Onteru SK, Mote BE, Serenius T, Stalder KJ, Rothschild MF (2009). Large-scale association study for structural soundness and leg locomotion traits in the pig. Genetics, Selection, Evolution : GSE, 41: 14; DOI: https://dx.doi.org/10.1186/1297-9686-41-14
