chromosome 2

100800 bytes allocated in orders_morecore

3024000 bytes allocated in morecore

Option chosen: flips2

Current values for parameters:

par_file = chr2.par
dat_file = chr2.dat
gen_file = chr2.gen
ord_file = chr2.ord
nb_our_alloc = 3000000    [# bytes reserved for our_alloc]
SEX_EQ = 1   [0 = sex specific analysis, 1 = sex equal]
TOL = 0.010000
PUK_NUM_ORDERS_TOL = 6
PK_NUM_ORDERS_TOL = 8
PUK_LIKE_TOL = 2.000
PK_LIKE_TOL = 2.000
use_ord_file = 0
write_ord_file = 0
use_haps = 1



Haplotyped system (distances forced to 0.0):

  0   CRYG1-5               2   CRYG1-5_2             4   CRYG1-5_3           


Haplotyped system (distances forced to 0.0):

  1   D2S54                 3   D2S54_2             

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 24   D2S38_2              23   D2S38               

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 40   D2S5_2               39   D2S5                

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 42   D2S1_2               41   D2S1                

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 44   TPO                  45   TPO_2               

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 54   APOB_2               53   APOB                

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 64   D2S61_2              63   D2S61               

Haplotyped system (distances forced to 0.0):

 75   TGFA_3               73   TGFA_2               72   TGFA                
 76   TGFA_4              

N.B. Only the first locus in each set is retained in the orders
objects, but the remaining loci are used in all likelihood calculations.



 21   D2S40               
 55   D2S51               
 61   LCT                 
 68   D2S44               
 77   Prot_C/pcr          
  1   D2S54               
 49   LCO                 
 20   D2S41               
 69   D2S43               
 10   D2S25               
 33   D2S62               
 24   D2S38_2             
 59   D2S45               
 26   D2S30               
 28   D2S31               
 40   D2S5_2              
 31   D2S28               
 66   D2S6                
 17   D2S19               
 70   D2S46               
 56   D2S48               
 54   APOB_2              
 50   D2S70               
 44   TPO                 
 65   D2S47               
 42   D2S1_2              
  5   ACP1                



number of loci to flip = 2


Original order, & its log10_likelihood,  followed by
flipped orders, with their relative log10_likelihoods 
(= log10_like[orig] - log10_like[curr])

 21 55 61 68 77  1 49 20 69 10 33 24 59 26 28 40 31 66 17 70 56 54 50 44 65 42  5  -1032.44  

 55 21  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      3.75
  - 61 55  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      3.64
  -  - 68 61  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      8.50
  -  -  - 77 68  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      5.98
  -  -  -  -  1 77  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      0.79
  -  -  -  -  - 49  1  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      7.53
  -  -  -  -  -  - 20 49  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      4.20
  -  -  -  -  -  -  - 69 20  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      5.38
  -  -  -  -  -  -  -  - 10 69  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -     28.83
  -  -  -  -  -  -  -  -  - 33 10  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      2.60
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 24 33  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      2.21
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 59 24  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      5.88
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 26 59  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      5.96
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 28 26  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -     10.47
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 40 28  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      2.06
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 31 40  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -      4.52
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 66 31  -  -  -  -  -  -  -  -  -     20.34
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 17 66  -  -  -  -  -  -  -  -      2.55
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 70 17  -  -  -  -  -  -  -      9.57
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 56 70  -  -  -  -  -  -      1.27
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 54 56  -  -  -  -  -      5.38
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 50 54  -  -  -  -      3.34
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 44 50  -  -  -     50.49
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 65 44  -  -      4.45
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  - 42 65  -      3.68
  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  -  5 42      4.97