Authors: Mateescu RG, Garrick DJ, Reecy JM
(Contact: raluca@ufl.edu ) Affiliation: Department of Animal Science, Iowa State University, Ames, IA, United States Title: Network Analysis Reveals Putative Genes Affecting Meat Quality in Angus Cattle Journal: Frontiers In Genetics, 8: 171 (2017)
DOI :
10.3389/fgene.2017.00171 Links:
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QTL for Muscle anserine content
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QTL for Muscle calcium content
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QTL for Muscle carnosine content
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QTL for Muscle creatine content
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QTL for Muscle creatinine content
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QTL for Muscle iron content
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QTL for Carcass weight
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QTL for Intramuscular fat
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QTL for Juiciness
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QTL for Muscle potassium content
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QTL for Kidney, pelvic, and heart fat percentage
Chr.X : Asso:152026 , Asso:152050 , Asso:152055 . Chr.1 : Asso:152019 , Asso:152020 , Asso:152029 , Asso:152035 , Asso:152038 , Asso:152051 , Asso:152053 . Chr.5 : Asso:152028 . Chr.6 : Asso:152031 . Chr.7 : Asso:152016 , Asso:152044 , Asso:152045 . Chr.8 : Asso:152032 , Asso:152033 , Asso:152046 . Chr.9 : Asso:152018 . Chr.10 : Asso:152021 , Asso:152047 . Chr.12 : Asso:152048 , Asso:152058 . Chr.15 : Asso:152011 , Asso:152057 . Chr.16 : Asso:152014 , Asso:152015 , Asso:152022 , Asso:152025 , Asso:152034 , Asso:152037 , Asso:152040 , Asso:152054 . Chr.18 : Asso:152042 . Chr.19 : Asso:152017 , Asso:152023 , Asso:152043 . Chr.20 : Asso:152024 , Asso:152027 . Chr.21 : Asso:152013 , Asso:152036 , Asso:152039 , Asso:152049 . Chr.27 : Asso:152012 , Asso:152052 . Chr.28 : Asso:152030 , Asso:152041 , Asso:152056 .
QTL for Marbling score
Chr.X : Asso:152070 , Asso:152081 , Asso:152085 , Asso:152098 . Chr.2 : Asso:152073 , Asso:152077 , Asso:152091 . Chr.3 : Asso:152096 . Chr.4 : Asso:152074 , Asso:152082 . Chr.6 : Asso:152064 , Asso:152068 , Asso:152069 , Asso:152092 , Asso:152099 . Chr.7 : Asso:152060 , Asso:152061 , Asso:152066 , Asso:152067 , Asso:152083 , Asso:152084 , Asso:152088 , Asso:152090 , Asso:152093 , Asso:152095 . Chr.10 : Asso:152076 , Asso:152097 . Chr.11 : Asso:152075 , Asso:152079 , Asso:152087 . Chr.14 : Asso:152062 , Asso:152080 . Chr.15 : Asso:152059 , Asso:152063 . Chr.16 : Asso:152065 , Asso:152078 . Chr.17 : Asso:152071 . Chr.20 : Asso:152094 . Chr.25 : Asso:152086 . Chr.27 : Asso:152089 . Chr.29 : Asso:152072 .
QTL for Muscle magnesium content
Chr.X : Asso:152109 , Asso:152127 , Asso:152130 , Asso:152135 . Chr.1 : Asso:152105 , Asso:152112 , Asso:152141 . Chr.2 : Asso:152144 . Chr.3 : Asso:152116 , Asso:152125 , Asso:152126 , Asso:152129 . Chr.4 : Asso:152106 . Chr.5 : Asso:152119 . Chr.6 : Asso:152110 , Asso:152118 , Asso:152143 . Chr.7 : Asso:152108 , Asso:152121 . Chr.8 : Asso:152102 , Asso:152139 . Chr.9 : Asso:152111 , Asso:152123 , Asso:152131 . Chr.10 : Asso:152107 , Asso:152113 , Asso:152132 . Chr.11 : Asso:152136 , Asso:152138 . Chr.13 : Asso:152140 . Chr.15 : Asso:152100 , Asso:152114 , Asso:152133 , Asso:152142 . Chr.16 : Asso:152134 , Asso:152137 . Chr.17 : Asso:152117 , Asso:152128 . Chr.18 : Asso:152122 . Chr.19 : Asso:152124 . Chr.20 : Asso:152115 . Chr.26 : Asso:152101 , Asso:152103 , Asso:152120 . Chr.27 : Asso:152104 .
QTL for Monounsaturated fatty acid content
Chr.X : Asso:152146 , Asso:152147 , Asso:152148 , Asso:152159 , Asso:152160 , Asso:152161 , Asso:152163 , Asso:152167 , Asso:152175 , Asso:152176 , Asso:152178 , Asso:152185 , Asso:152186 , Asso:152192 , Asso:152193 . Chr.1 : Asso:152198 . Chr.2 : Asso:152196 . Chr.5 : Asso:152158 , Asso:152181 . Chr.8 : Asso:152200 . Chr.9 : Asso:152195 . Chr.11 : Asso:152204 . Chr.13 : Asso:152168 , Asso:152197 . Chr.14 : Asso:152183 , Asso:152184 . Chr.16 : Asso:152156 , Asso:152169 , Asso:152170 , Asso:152172 , Asso:152201 , Asso:152202 . Chr.17 : Asso:152180 . Chr.19 : Asso:152145 , Asso:152149 , Asso:152150 , Asso:152151 , Asso:152152 , Asso:152153 , Asso:152155 , Asso:152157 , Asso:152162 , Asso:152164 , Asso:152165 , Asso:152171 , Asso:152174 , Asso:152179 , Asso:152182 , Asso:152190 , Asso:152191 , Asso:152205 . Chr.22 : Asso:152166 , Asso:152187 . Chr.23 : Asso:152188 . Chr.24 : Asso:152154 , Asso:152194 . Chr.25 : Asso:152203 . Chr.26 : Asso:152173 , Asso:152189 . Chr.28 : Asso:152199 . Chr.29 : Asso:152177 .
QTL for Muscle sodium content
Chr.X : Asso:152211 , Asso:152216 , Asso:152224 , Asso:152247 . Chr.1 : Asso:152209 , Asso:152227 , Asso:152232 , Asso:152267 . Chr.2 : Asso:152222 , Asso:152245 , Asso:152253 . Chr.3 : Asso:152252 , Asso:152258 , Asso:152265 . Chr.4 : Asso:152210 , Asso:152218 , Asso:152239 , Asso:152263 . Chr.5 : Asso:152266 . Chr.6 : Asso:152213 , Asso:152228 , Asso:152231 , Asso:152233 , Asso:152235 , Asso:152236 , Asso:152237 , Asso:152238 , Asso:152244 , Asso:152256 , Asso:152257 , Asso:152259 , Asso:152261 . Chr.7 : Asso:152219 , Asso:152220 , Asso:152249 . Chr.8 : Asso:152207 . Chr.9 : Asso:152215 , Asso:152248 . Chr.10 : Asso:152217 , Asso:152260 . Chr.11 : Asso:152240 . Chr.12 : Asso:152250 , Asso:152254 . Chr.13 : Asso:152229 , Asso:152246 . Chr.14 : Asso:152241 , Asso:152264 . Chr.15 : Asso:152206 . Chr.16 : Asso:152223 . Chr.17 : Asso:152255 . Chr.18 : Asso:152221 . Chr.20 : Asso:152243 . Chr.21 : Asso:152230 . Chr.22 : Asso:152226 , Asso:152262 . Chr.24 : Asso:152242 . Chr.25 : Asso:152251 . Chr.26 : Asso:152208 , Asso:152214 , Asso:152225 , Asso:152234 . Chr.27 : Asso:152212 .
QTL for Muscle phosphorus content
Chr.X : Asso:152279 , Asso:152295 , Asso:152296 , Asso:152301 . Chr.1 : Asso:152272 , Asso:152277 , Asso:152297 . Chr.2 : Asso:152288 . Chr.3 : Asso:152290 , Asso:152307 . Chr.4 : Asso:152271 . Chr.6 : Asso:152304 . Chr.7 : Asso:152276 . Chr.8 : Asso:152270 . Chr.9 : Asso:152280 , Asso:152281 , Asso:152283 , Asso:152291 , Asso:152294 , Asso:152302 , Asso:152306 . Chr.10 : Asso:152274 , Asso:152282 . Chr.12 : Asso:152289 , Asso:152308 . Chr.13 : Asso:152293 . Chr.15 : Asso:152268 , Asso:152287 , Asso:152305 . Chr.16 : Asso:152284 , Asso:152299 , Asso:152303 . Chr.19 : Asso:152298 . Chr.20 : Asso:152286 . Chr.22 : Asso:152278 . Chr.23 : Asso:152292 . Chr.26 : Asso:152269 , Asso:152273 , Asso:152285 . Chr.27 : Asso:152275 . Chr.29 : Asso:152300 .
QTL for Polyunsaturated fatty acid content
Chr.X : Asso:152319 . Chr.3 : Asso:152312 , Asso:152332 , Asso:152336 . Chr.7 : Asso:152311 , Asso:152328 . Chr.8 : Asso:152313 . Chr.10 : Asso:152315 . Chr.13 : Asso:152326 , Asso:152327 , Asso:152330 . Chr.15 : Asso:152310 , Asso:152325 . Chr.18 : Asso:152314 , Asso:152318 , Asso:152329 . Chr.19 : Asso:152309 . Chr.20 : Asso:152323 . Chr.22 : Asso:152320 . Chr.24 : Asso:152324 . Chr.25 : Asso:152316 , Asso:152331 . Chr.26 : Asso:152333 . Chr.27 : Asso:152321 , Asso:152322 . Chr.28 : Asso:152334 . Chr.29 : Asso:152317 , Asso:152335 .
QTL for Longissimus muscle area
Chr.1 : Asso:152346 , Asso:152349 , Asso:152354 , Asso:152355 , Asso:152370 . Chr.2 : Asso:152359 . Chr.3 : Asso:152368 . Chr.4 : Asso:152339 , Asso:152344 , Asso:152357 . Chr.7 : Asso:152337 , Asso:152338 , Asso:152340 , Asso:152343 , Asso:152345 , Asso:152363 . Chr.8 : Asso:152352 , Asso:152362 . Chr.10 : Asso:152361 . Chr.11 : Asso:152369 . Chr.12 : Asso:152364 . Chr.16 : Asso:152350 . Chr.17 : Asso:152347 . Chr.19 : Asso:152353 , Asso:152360 . Chr.20 : Asso:152341 , Asso:152351 , Asso:152356 , Asso:152365 , Asso:152367 , Asso:152372 . Chr.25 : Asso:152342 , Asso:152348 , Asso:152358 , Asso:152366 . Chr.27 : Asso:152371 .
QTL for Saturated fatty acid content
Chr.X : Asso:152379 , Asso:152393 , Asso:152397 , Asso:152399 , Asso:152407 , Asso:152411 , Asso:152429 , Asso:152439 , Asso:152440 . Chr.1 : Asso:152388 , Asso:152426 . Chr.5 : Asso:152383 . Chr.6 : Asso:152414 , Asso:152432 , Asso:152434 . Chr.7 : Asso:152386 , Asso:152395 , Asso:152409 , Asso:152418 , Asso:152442 . Chr.8 : Asso:152406 , Asso:152416 , Asso:152437 . Chr.9 : Asso:152422 , Asso:152424 , Asso:152425 , Asso:152428 , Asso:152438 , Asso:152443 . Chr.11 : Asso:152436 . Chr.16 : Asso:152381 , Asso:152401 , Asso:152402 , Asso:152405 , Asso:152410 , Asso:152421 , Asso:152441 , Asso:152444 . Chr.19 : Asso:152373 , Asso:152374 , Asso:152375 , Asso:152376 , Asso:152377 , Asso:152378 , Asso:152380 , Asso:152385 , Asso:152387 , Asso:152389 , Asso:152390 , Asso:152391 , Asso:152394 , Asso:152396 , Asso:152398 , Asso:152400 , Asso:152403 , Asso:152404 , Asso:152413 , Asso:152420 , Asso:152433 , Asso:152435 . Chr.22 : Asso:152412 . Chr.24 : Asso:152415 . Chr.26 : Asso:152382 , Asso:152384 , Asso:152392 , Asso:152408 , Asso:152417 , Asso:152423 , Asso:152431 . Chr.28 : Asso:152427 . Chr.29 : Asso:152419 , Asso:152430 .
QTL for Tenderness score
Chr.X : Asso:152485 . Chr.1 : Asso:152452 , Asso:152456 . Chr.2 : Asso:152454 . Chr.3 : Asso:152483 . Chr.5 : Asso:152476 . Chr.6 : Asso:152468 . Chr.7 : Asso:152447 , Asso:152449 , Asso:152471 , Asso:152478 , Asso:152481 , Asso:152493 . Chr.10 : Asso:152463 , Asso:152470 . Chr.11 : Asso:152462 , Asso:152473 , Asso:152491 . Chr.13 : Asso:152472 , Asso:152479 , Asso:152490 . Chr.14 : Asso:152451 . Chr.16 : Asso:152465 , Asso:152475 , Asso:152487 . Chr.17 : Asso:152489 . Chr.18 : Asso:152453 , Asso:152480 . Chr.19 : Asso:152482 . Chr.20 : Asso:152469 , Asso:152486 , Asso:152488 , Asso:152495 . Chr.25 : Asso:152484 . Chr.26 : Asso:152474 . Chr.29 : Asso:152445 , Asso:152446 , Asso:152448 , Asso:152450 , Asso:152455 , Asso:152457 , Asso:152458 , Asso:152459 , Asso:152460 , Asso:152461 , Asso:152464 , Asso:152466 , Asso:152467 , Asso:152477 , Asso:152492 , Asso:152494 .
QTL for Shear force
Chr.X : Asso:152518 , Asso:152521 , Asso:152524 , Asso:152525 , Asso:152532 , Asso:152546 . Chr.2 : Asso:152514 , Asso:152545 . Chr.3 : Asso:152502 , Asso:152504 , Asso:152543 . Chr.4 : Asso:152503 . Chr.5 : Asso:152537 . Chr.6 : Asso:152542 . Chr.7 : Asso:152501 , Asso:152513 , Asso:152534 , Asso:152541 . Chr.10 : Asso:152497 , Asso:152536 , Asso:152549 . Chr.12 : Asso:152511 , Asso:152539 , Asso:152544 , Asso:152548 . Chr.15 : Asso:152516 , Asso:152527 , Asso:152528 . Chr.17 : Asso:152550 . Chr.19 : Asso:152538 . Chr.20 : Asso:152498 . Chr.21 : Asso:152533 . Chr.22 : Asso:152505 , Asso:152508 , Asso:152531 . Chr.24 : Asso:152509 , Asso:152530 . Chr.25 : Asso:152535 . Chr.29 : Asso:152496 , Asso:152499 , Asso:152500 , Asso:152506 , Asso:152507 , Asso:152510 , Asso:152512 , Asso:152515 , Asso:152517 , Asso:152519 , Asso:152520 , Asso:152522 , Asso:152523 , Asso:152526 , Asso:152529 , Asso:152540 , Asso:152547 , Asso:152551 .
QTL for Muscle zinc content
Chr.X : Asso:152558 , Asso:152561 , Asso:152573 , Asso:152578 , Asso:152581 . Chr.3 : Asso:152553 , Asso:152554 , Asso:152555 , Asso:152556 , Asso:152557 , Asso:152562 , Asso:152568 , Asso:152575 , Asso:152583 , Asso:152585 , Asso:152588 , Asso:152594 . Chr.6 : Asso:152552 , Asso:152579 . Chr.7 : Asso:152563 , Asso:152566 , Asso:152580 , Asso:152586 . Chr.8 : Asso:152570 , Asso:152595 . Chr.9 : Asso:152589 . Chr.10 : Asso:152577 , Asso:152590 . Chr.11 : Asso:152567 , Asso:152574 , Asso:152587 , Asso:152591 . Chr.13 : Asso:152565 . Chr.14 : Asso:152582 . Chr.15 : Asso:152564 . Chr.18 : Asso:152584 , Asso:152592 . Chr.19 : Asso:152559 , Asso:152571 . Chr.20 : Asso:152593 . Chr.22 : Asso:152572 . Chr.25 : Asso:152560 . Chr.26 : Asso:152576 . Chr.28 : Asso:152569 .
QTL for Subcutaneous fat thickness
Chr.X : Asso:152602 , Asso:152636 . Chr.1 : Asso:152604 , Asso:152624 . Chr.2 : Asso:152626 , Asso:152638 . Chr.3 : Asso:152599 , Asso:152605 , Asso:152612 . Chr.5 : Asso:152640 . Chr.7 : Asso:152619 , Asso:152631 , Asso:152632 , Asso:152634 . Chr.9 : Asso:152623 , Asso:152627 , Asso:152630 . Chr.10 : Asso:152617 , Asso:152622 , Asso:152628 , Asso:152639 . Chr.11 : Asso:152607 . Chr.12 : Asso:152601 , Asso:152611 . Chr.13 : Asso:152613 , Asso:152614 . Chr.14 : Asso:152603 , Asso:152633 . Chr.15 : Asso:152597 , Asso:152600 , Asso:152608 . Chr.18 : Asso:152629 , Asso:152635 . Chr.19 : Asso:152610 . Chr.20 : Asso:152618 . Chr.24 : Asso:152606 , Asso:152615 , Asso:152620 , Asso:152621 . Chr.26 : Asso:152596 , Asso:152598 , Asso:152616 , Asso:152625 , Asso:152637 . Chr.27 : Asso:152609 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.X (88) ,
Chr.1 (40) ,
Chr.2 (52) ,
Chr.3 (55) ,
Chr.4 (35) ,
Chr.5 (27) ,
Chr.6 (54) ,
Chr.7 (103) ,
Chr.8 (46) ,
Chr.9 (99) ,
Chr.10 (43) ,
Chr.11 (24) ,
Chr.12 (24) ,
Chr.13 (30) ,
Chr.14 (29) ,
Chr.15 (37) ,
Chr.16 (42) ,
Chr.17 (17) ,
Chr.18 (21) ,
Chr.19 (58) ,
Chr.20 (35) ,
Chr.21 (22) ,
Chr.22 (54) ,
Chr.23 (6) ,
Chr.24 (16) ,
Chr.25 (22) ,
Chr.26 (40) ,
Chr.27 (21) ,
Chr.28 (10) ,
Chr.29 (47) .
Number of gene-based eQTL/associations:
