Authors:
Abo-Ismail MK, Brito LF, Miller SP, Sargolzaei M, Grossi DA, Moore SS, Plastow G, Stothard P, Nayeri S, Schenkel FS
(Contact: schenkel@uoguelph.ca )
Affiliation:
Department of Animal Biosciences, Centre for Genetic Improvement of Livestock, University of Guelph, Guelph, ON, Canada
Title:
Genome-wide association studies and genomic prediction of breeding values for calving performance and body conformation traits in Holstein cattle
Journal:
Genetics, Selection, Evolution : GSE, 49(1): 82 (2017)
DOI :
10.1186/s12711-017-0356-8
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Teat placement reported for chromosome(s):
Chr.5 : Asso:147154 . Chr.8 : Asso:147150 , Asso:147153 . Chr.18 : Asso:147151 , Asso:147152 .
QTL for Calving ability reported for chromosome(s):
Chr.18 : Asso:146985 , Asso:146986 , Asso:146987 , Asso:146988 , Asso:146989 , Asso:146990 , Asso:146991 , Asso:146992 , Asso:146993 , Asso:146994 , Asso:147016 , Asso:147017 , Asso:147018 , Asso:147019 , Asso:147020 , Asso:147021 , Asso:147022 , Asso:147023 , Asso:147024 , Asso:147025 .
QTL for Calving ease reported for chromosome(s):
Chr.18 : Asso:146995 , Asso:146996 , Asso:146997 , Asso:146998 , Asso:146999 , Asso:147000 , Asso:147001 , Asso:147002 , Asso:147003 , Asso:147004 , Asso:147005 , Asso:147006 , Asso:147007 , Asso:147008 , Asso:147009 , Asso:147010 , Asso:147011 , Asso:147012 , Asso:147013 , Asso:147014 , Asso:147026 , Asso:147027 , Asso:147028 , Asso:147029 , Asso:147030 , Asso:147031 , Asso:147032 , Asso:147033 , Asso:147034 , Asso:147035 , Asso:147036 , Asso:147037 , Asso:147038 , Asso:147039 , Asso:147040 , Asso:147041 , Asso:147042 , Asso:147043 , Asso:147044 , Asso:147045 .
QTL for Stillbirth reported for chromosome(s):
Chr.1 : Asso:147015 . Chr.18 : Asso:147046 , Asso:147047 , Asso:147048 , Asso:147049 , Asso:147050 , Asso:147051 , Asso:147052 , Asso:147053 , Asso:147054 , Asso:147055 , Asso:147056 , Asso:147057 , Asso:147058 , Asso:147059 , Asso:147060 , Asso:147061 , Asso:147062 , Asso:147063 , Asso:147064 , Asso:147065 .
QTL for Angularity reported for chromosome(s):
Chr.6 : Asso:147066 , Asso:147067 , Asso:147068 , Asso:147069 , Asso:147090 .
QTL for Body depth reported for chromosome(s):
Chr.18 : Asso:147091 , Asso:147092 , Asso:147093 , Asso:147094 , Asso:147155 .
QTL for Bone quality reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:147095 , Asso:147096 , Asso:147097 , Asso:147098 , Asso:147099 .
QTL for Chest width reported for chromosome(s):
Chr.6 : Asso:147103 , Asso:147104 . Chr.7 : Asso:147100 , Asso:147101 , Asso:147102 .
QTL for Udder height reported for chromosome(s):
Chr.7 : Asso:147119 , Asso:147117 , Asso:147118 . Chr.18 : Asso:147120 , Asso:147121 .
QTL for Strength reported for chromosome(s):
Chr.18 : Asso:147106 , Asso:147107 , Asso:147108 , Asso:147109 , Asso:147111 .
QTL for Udder attachment reported for chromosome(s):
Chr.20 : Asso:147112 , Asso:147113 , Asso:147114 , Asso:147115 , Asso:147116 .
QTL for Stature reported for chromosome(s):
Chr.5 : Asso:147125 , Asso:147126 . Chr.18 : Asso:147122 , Asso:147123 , Asso:147124 .
QTL for Teat length reported for chromosome(s):
Chr.5 : Asso:147127 , Asso:147128 , Asso:147129 , Asso:147130 , Asso:147131 .
QTL for Udder depth reported for chromosome(s):
Chr.6 : Asso:147133 , Asso:147134 , Asso:147135 , Asso:147136 . Chr.29 : Asso:147132 .
QTL for Rump angle reported for chromosome(s):
Chr.5 : Asso:147137 .
QTL for Rump width reported for chromosome(s):
Chr.13 : Asso:147138 , Asso:147141 , Asso:147142 . Chr.18 : Asso:147139 , Asso:147140 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Abo-Ismail MK, Brito LF, Miller SP, Sargolzaei M, Grossi DA, Moore SS, Plastow G, Stothard P, Nayeri S, Schenkel FS (2017). Genome-wide association studies and genomic prediction of breeding values for calving performance and body conformation traits in Holstein cattle. Genetics, Selection, Evolution : GSE, 49(1): 82;
Curated into QTLdb on 2017-12-14. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=PhGy3N4CiE
OR
Abo-Ismail MK, Brito LF, Miller SP, Sargolzaei M, Grossi DA, Moore SS, Plastow G, Stothard P, Nayeri S, Schenkel FS (2017). Genome-wide association studies and genomic prediction of breeding values for calving performance and body conformation traits in Holstein cattle. Genetics, Selection, Evolution : GSE, 49(1): 82; DOI: https://dx.doi.org/10.1186/s12711-017-0356-8