Authors: Ibeagha-Awemu EM, Peters SO, Akwanji KA, Imumorin IG, Zhao X
(Contact: Eveline.ibeaghaawemu@agr.gc.ca ) Affiliation: Department of Animal Science, McGill University, 21,111 Lakeshore Road, Ste-Anne-De-Bellevue, QC, H9S 3V9 Canada Title: High density genome wide genotyping-by-sequencing and association identifies common and low frequency SNPs, and novel candidate genes influencing cow milk traits Journal: Scientific Reports, 6: 31109 (2016)
DOI :
10.1038/srep31109 Links:
PubMed | Abstract
| Copy data link
( Related study: none )
Click on each trait to browse further along the related trait ontology tree
Click on each chromosome number to find the detailed QTL information on that chromosome
There are 1007 QTL/association on this publication are currently "On hold" by the data owner or curator. Please write to Bioinfo-Team@animalgenome.org with the URL address of this page for assistance (for example, if you are a reviewer of a manuscript citing this address as data deposit point).
Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Milk fat percentage
Chr.1 : Asso:154733 . Chr.3 : Asso:154715 . Chr.5 : Asso:154725 , Asso:154726 . Chr.11 : Asso:154714 . Chr.14 : Asso:154698 , Asso:154699 , Asso:154700 , Asso:154701 , Asso:154702 , Asso:154703 , Asso:154704 , Asso:154705 , Asso:154706 , Asso:154707 , Asso:154708 , Asso:154709 , Asso:154710 , Asso:154711 , Asso:154712 , Asso:154713 , Asso:154720 , Asso:154727 , Asso:154728 . Chr.17 : Asso:154730 . Chr.20 : Asso:154724 .
QTL for Milk protein percentage
Chr.3 : Asso:154755 , Asso:154769 . Chr.4 : Asso:154780 . Chr.6 : Asso:154781 , Asso:154782 . Chr.8 : Asso:154777 , Asso:154778 . Chr.11 : Asso:154752 . Chr.18 : Asso:154758 . Chr.20 : Asso:154756 , Asso:154762 , Asso:154765 . Chr.25 : Asso:154734 .
QTL for Somatic cell count
Chr.1 : Asso:154905 . Chr.2 : Asso:154847 , Asso:154875 . Chr.3 : Asso:154861 , Asso:154872 , Asso:154882 . Chr.4 : Asso:154926 , Asso:154927 , Asso:154928 , Asso:154930 . Chr.5 : Asso:154808 , Asso:154911 . Chr.6 : Asso:154850 , Asso:154851 , Asso:154876 , Asso:154912 . Chr.7 : Asso:154821 , Asso:154845 , Asso:154846 , Asso:154849 , Asso:154920 . Chr.8 : Asso:154831 , Asso:154881 . Chr.9 : Asso:154921 . Chr.10 : Asso:154844 , Asso:154878 , Asso:154919 . Chr.11 : Asso:154843 . Chr.12 : Asso:154842 . Chr.13 : Asso:154811 , Asso:154862 , Asso:154863 , Asso:154907 . Chr.15 : Asso:154804 , Asso:154864 , Asso:154866 , Asso:154899 . Chr.17 : Asso:154834 , Asso:154835 , Asso:154877 , Asso:154914 , Asso:154916 . Chr.18 : Asso:154809 , Asso:154810 , Asso:154816 , Asso:154826 , Asso:154855 , Asso:154910 . Chr.19 : Asso:154806 , Asso:154859 , Asso:154891 , Asso:154932 . Chr.22 : Asso:154792 , Asso:154795 , Asso:154829 . Chr.23 : Asso:154822 . Chr.26 : Asso:154819 , Asso:154865 , Asso:154868 . Chr.28 : Asso:154901 .
QTL for Milk fat yield
Chr.14 : Asso:154934 .
QTL for Milk lactose content
Chr.11 : Asso:154937 , Asso:154941 . Chr.14 : Asso:154939 .
QTL for Milk eicosapentaenoic acid content
Chr.1 : Asso:154962 . Chr.2 : Asso:154957 . Chr.3 : Asso:154958 , Asso:154996 . Chr.7 : Asso:154959 . Chr.10 : Asso:154953 , Asso:154988 . Chr.12 : Asso:154969 . Chr.13 : Asso:154944 . Chr.15 : Asso:154955 , Asso:154961 , Asso:154971 , Asso:154978 . Chr.18 : Asso:154964 . Chr.19 : Asso:154975 , Asso:154979 . Chr.20 : Asso:154981 . Chr.21 : Asso:154942 , Asso:154977 , Asso:154983 . Chr.24 : Asso:154946 , Asso:154967 , Asso:154972 , Asso:154993 . Chr.26 : Asso:154950 , Asso:154966 . Chr.28 : Asso:154970 , Asso:154974 .
QTL for Milk arachidonic acid content
Chr.1 : Asso:155021 , Asso:155046 , Asso:155047 . Chr.2 : Asso:155045 . Chr.7 : Asso:155002 . Chr.10 : Asso:155017 , Asso:155028 . Chr.11 : Asso:155020 . Chr.15 : Asso:155034 . Chr.16 : Asso:155054 . Chr.19 : Asso:155008 , Asso:155011 , Asso:155026 . Chr.21 : Asso:155005 . Chr.22 : Asso:155019 . Chr.23 : Asso:155023 , Asso:155024 . Chr.24 : Asso:155049 , Asso:155052 . Chr.27 : Asso:155051 . Chr.29 : Asso:155000 .
QTL for Milk cis-7,10,13,16,19-Docosapentaenoic acid content
Chr.9 : Asso:155058 . Chr.20 : Asso:155056 .
QTL for Milk palmitoleic acid content
Chr.26 : Asso:155062 .
QTL for Milk oleic acid content
Chr.14 : Asso:155063 . Chr.17 : Asso:155064 .
QTL for Milk monounsaturated fatty acid content
Chr.2 : Asso:155074 . Chr.6 : Asso:155068 . Chr.7 : Asso:155066 . Chr.17 : Asso:155073 . Chr.19 : Asso:155071 . Chr.23 : Asso:155070 .
QTL for Milk saturated fatty acid content
Chr.2 : Asso:155085 . Chr.6 : Asso:155077 . Chr.7 : Asso:155075 . Chr.14 : Asso:155080 . Chr.16 : Asso:155083 . Chr.17 : Asso:155084 . Chr.23 : Asso:155079 .
QTL for Milk butyric acid content
Chr.X : Asso:155157 . Chr.1 : Asso:155111 , Asso:155176 . Chr.2 : Asso:155118 . Chr.3 : Asso:155174 , Asso:155191 , Asso:155201 . Chr.4 : Asso:155171 , Asso:155172 , Asso:155218 . Chr.7 : Asso:155114 , Asso:155127 , Asso:155161 , Asso:155162 , Asso:155163 . Chr.9 : Asso:155116 , Asso:155117 , Asso:155169 , Asso:155199 , Asso:155200 . Chr.10 : Asso:155167 , Asso:155197 , Asso:155198 . Chr.11 : Asso:155165 , Asso:155166 . Chr.12 : Asso:155112 . Chr.13 : Asso:155164 . Chr.14 : Asso:155086 . Chr.15 : Asso:155125 . Chr.16 : Asso:155156 . Chr.17 : Asso:155160 . Chr.18 : Asso:155140 . Chr.19 : Asso:155088 , Asso:155091 , Asso:155192 . Chr.21 : Asso:155131 , Asso:155137 , Asso:155139 . Chr.22 : Asso:155106 , Asso:155193 . Chr.23 : Asso:155153 . Chr.24 : Asso:155107 . Chr.25 : Asso:155151 , Asso:155152 , Asso:155179 . Chr.26 : Asso:155154 , Asso:155155 . Chr.28 : Asso:155097 , Asso:155134 , Asso:155135 , Asso:155148 . Chr.29 : Asso:155096 , Asso:155144 , Asso:155147 , Asso:155184 .
QTL for Milk caproic acid content
Chr.1 : Asso:155237 , Asso:155283 , Asso:155301 , Asso:155361 , Asso:155416 . Chr.2 : Asso:155302 , Asso:155327 , Asso:155358 , Asso:155362 , Asso:155405 , Asso:155406 . Chr.3 : Asso:155296 , Asso:155297 , Asso:155315 , Asso:155381 , Asso:155393 , Asso:155412 . Chr.4 : Asso:155271 , Asso:155289 , Asso:155335 . Chr.5 : Asso:155230 , Asso:155286 . Chr.6 : Asso:155337 , Asso:155401 . Chr.7 : Asso:155204 , Asso:155285 , Asso:155329 , Asso:155359 , Asso:155360 . Chr.8 : Asso:155232 , Asso:155281 , Asso:155287 , Asso:155352 . Chr.9 : Asso:155247 , Asso:155282 , Asso:155312 . Chr.10 : Asso:155274 , Asso:155355 . Chr.11 : Asso:155215 , Asso:155269 , Asso:155304 . Chr.12 : Asso:155225 , Asso:155257 , Asso:155311 , Asso:155349 , Asso:155384 , Asso:155411 . Chr.13 : Asso:155229 , Asso:155264 , Asso:155348 , Asso:155398 , Asso:155408 , Asso:155410 . Chr.14 : Asso:155404 . Chr.15 : Asso:155318 , Asso:155409 . Chr.16 : Asso:155334 , Asso:155367 , Asso:155370 . Chr.17 : Asso:155303 , Asso:155399 , Asso:155400 . Chr.18 : Asso:155226 , Asso:155307 , Asso:155343 , Asso:155376 , Asso:155377 . Chr.19 : Asso:155222 , Asso:155227 , Asso:155339 , Asso:155342 . Chr.20 : Asso:155325 , Asso:155328 , Asso:155341 . Chr.21 : Asso:155305 , Asso:155308 , Asso:155309 , Asso:155319 , Asso:155321 , Asso:155340 , Asso:155345 , Asso:155346 , Asso:155382 . Chr.22 : Asso:155258 , Asso:155260 , Asso:155310 , Asso:155338 , Asso:155390 , Asso:155395 . Chr.24 : Asso:155265 . Chr.25 : Asso:155203 , Asso:155241 , Asso:155366 . Chr.26 : Asso:155221 , Asso:155323 , Asso:155336 , Asso:155385 . Chr.27 : Asso:155326 . Chr.29 : Asso:155239 , Asso:155240 , Asso:155253 , Asso:155331 , Asso:155417 .
QTL for Milk caprylic acid content
Chr.1 : Asso:155514 , Asso:155521 , Asso:155537 . Chr.2 : Asso:155464 , Asso:155486 , Asso:155509 , Asso:155520 . Chr.3 : Asso:155422 , Asso:155425 . Chr.4 : Asso:155453 , Asso:155495 , Asso:155517 , Asso:155526 . Chr.5 : Asso:155432 , Asso:155515 . Chr.7 : Asso:155460 . Chr.8 : Asso:155516 . Chr.9 : Asso:155437 , Asso:155458 . Chr.10 : Asso:155507 . Chr.11 : Asso:155451 . Chr.12 : Asso:155442 , Asso:155479 , Asso:155505 . Chr.13 : Asso:155430 , Asso:155449 , Asso:155503 , Asso:155504 . Chr.14 : Asso:155493 , Asso:155533 . Chr.15 : Asso:155476 . Chr.17 : Asso:155465 . Chr.18 : Asso:155429 , Asso:155468 . Chr.19 : Asso:155431 , Asso:155478 , Asso:155499 . Chr.20 : Asso:155487 , Asso:155498 . Chr.21 : Asso:155466 , Asso:155480 , Asso:155483 , Asso:155497 . Chr.22 : Asso:155443 , Asso:155445 , Asso:155469 , Asso:155496 . Chr.23 : Asso:155473 . Chr.24 : Asso:155450 . Chr.25 : Asso:155418 , Asso:155481 . Chr.26 : Asso:155477 , Asso:155484 . Chr.27 : Asso:155485 . Chr.29 : Asso:155489 , Asso:155528 , Asso:155529 .
QTL for Milk undecylic acid content
Chr.10 : Asso:155544 .
QTL for Milk pentadecylic acid content
Chr.1 : Asso:155545 .
QTL for Milk margaric acid content
Chr.9 : Asso:155547 .
QTL for Milk tridecylic acid content
Chr.X : Asso:155893 , Asso:155913 . Chr.1 : Asso:155858 , Asso:155878 , Asso:155881 , Asso:155956 , Asso:156021 , Asso:156026 , Asso:156028 , Asso:156033 , Asso:156050 , Asso:156055 . Chr.2 : Asso:155771 , Asso:155784 , Asso:155865 , Asso:155875 , Asso:155880 , Asso:155904 , Asso:155914 , Asso:155925 , Asso:155976 , Asso:155977 , Asso:155979 , Asso:155982 , Asso:155983 , Asso:156001 , Asso:156054 . Chr.3 : Asso:155609 , Asso:155655 , Asso:155688 , Asso:155832 , Asso:155890 , Asso:155960 , Asso:156041 . Chr.4 : Asso:155601 , Asso:155786 , Asso:155846 , Asso:155862 , Asso:155898 , Asso:155912 , Asso:155934 , Asso:156000 , Asso:156037 , Asso:156056 . Chr.5 : Asso:155670 , Asso:155709 , Asso:155789 , Asso:155819 , Asso:155871 , Asso:155903 , Asso:155916 , Asso:155917 , Asso:155930 , Asso:155933 , Asso:155945 , Asso:155972 , Asso:156020 , Asso:156059 . Chr.6 : Asso:155579 , Asso:155614 , Asso:155685 , Asso:155728 , Asso:155845 , Asso:155891 , Asso:155947 , Asso:155952 , Asso:155953 , Asso:155954 , Asso:155962 , Asso:155994 , Asso:156006 . Chr.7 : Asso:155571 , Asso:155572 , Asso:155573 , Asso:155574 , Asso:155580 , Asso:155613 , Asso:155625 , Asso:155641 , Asso:155663 , Asso:155726 , Asso:155797 , Asso:155902 , Asso:155928 , Asso:155949 , Asso:156002 , Asso:156014 , Asso:156027 , Asso:156057 , Asso:156058 . Chr.8 : Asso:155852 , Asso:155853 , Asso:155948 , Asso:156015 , Asso:156052 . Chr.9 : Asso:155624 , Asso:155814 , Asso:155827 , Asso:155923 , Asso:155943 , Asso:155951 . Chr.10 : Asso:155606 , Asso:155747 , Asso:155750 , Asso:155820 , Asso:155829 , Asso:155831 , Asso:155888 , Asso:155895 , Asso:155896 , Asso:155915 , Asso:155927 , Asso:155931 , Asso:155937 , Asso:155939 , Asso:156013 , Asso:156036 . Chr.11 : Asso:155588 , Asso:155589 , Asso:155590 , Asso:155591 , Asso:155592 , Asso:155769 , Asso:155843 , Asso:155919 , Asso:155922 , Asso:155936 , Asso:156029 , Asso:156045 . Chr.12 : Asso:155967 , Asso:155984 , Asso:155985 , Asso:155991 , Asso:155999 , Asso:156011 , Asso:156030 . Chr.13 : Asso:155612 , Asso:155764 , Asso:155787 , Asso:155958 , Asso:155961 , Asso:155968 , Asso:155971 , Asso:156025 , Asso:156031 . Chr.14 : Asso:155549 , Asso:155552 , Asso:155555 , Asso:155557 , Asso:155563 , Asso:155779 , Asso:155938 , Asso:155966 , Asso:155969 , Asso:155990 , Asso:155993 , Asso:156049 . Chr.15 : Asso:155666 , Asso:155905 , Asso:155975 , Asso:155998 , Asso:156048 . Chr.16 : Asso:155727 , Asso:155729 , Asso:155759 , Asso:155792 , Asso:155798 , Asso:155801 , Asso:155906 , Asso:156024 . Chr.17 : Asso:155734 , Asso:155736 , Asso:155802 , Asso:155900 , Asso:155901 , Asso:155929 , Asso:155992 , Asso:156042 , Asso:156051 . Chr.18 : Asso:155610 , Asso:155760 , Asso:155766 , Asso:156034 . Chr.19 : Asso:155599 , Asso:155602 , Asso:155642 , Asso:155684 , Asso:155907 , Asso:155908 , Asso:155909 , Asso:155959 , Asso:155965 , Asso:156035 . Chr.20 : Asso:155564 , Asso:155671 , Asso:155675 , Asso:155781 , Asso:155782 , Asso:155799 , Asso:155955 , Asso:155964 , Asso:155989 , Asso:156005 , Asso:156009 , Asso:156019 , Asso:156023 . Chr.21 : Asso:155595 , Asso:155635 , Asso:155761 , Asso:155778 , Asso:155892 , Asso:155897 , Asso:155899 , Asso:155970 , Asso:155981 , Asso:155995 , Asso:155996 , Asso:155997 , Asso:156017 , Asso:156060 . Chr.22 : Asso:155617 , Asso:155620 , Asso:155628 , Asso:155633 , Asso:155887 , Asso:155910 , Asso:156008 . Chr.23 : Asso:155597 , Asso:155631 , Asso:155637 , Asso:155654 , Asso:155660 , Asso:155667 , Asso:155669 , Asso:155686 , Asso:155711 , Asso:155889 , Asso:155924 , Asso:155932 , Asso:155950 , Asso:155980 , Asso:156003 . Chr.24 : Asso:155556 , Asso:155568 , Asso:155673 , Asso:155768 , Asso:155773 , Asso:155774 , Asso:155920 , Asso:155935 , Asso:156010 , Asso:156032 , Asso:156039 . Chr.25 : Asso:155558 , Asso:155562 , Asso:155926 , Asso:155940 , Asso:155942 , Asso:155987 , Asso:156004 , Asso:156007 , Asso:156053 . Chr.26 : Asso:155732 , Asso:155740 , Asso:155941 , Asso:155986 , Asso:156016 , Asso:156018 . Chr.27 : Asso:155550 , Asso:155582 , Asso:155583 , Asso:155584 , Asso:155652 , Asso:155689 , Asso:155690 , Asso:155692 , Asso:155693 , Asso:155695 , Asso:155696 , Asso:155697 , Asso:155698 , Asso:155715 , Asso:155921 , Asso:155957 , Asso:155963 , Asso:155974 , Asso:156012 , Asso:156043 , Asso:156044 . Chr.28 : Asso:155570 , Asso:155681 , Asso:155703 , Asso:155706 , Asso:155911 , Asso:155918 , Asso:155944 , Asso:155978 , Asso:156040 , Asso:156047 . Chr.29 : Asso:155596 , Asso:155604 , Asso:155653 , Asso:155712 , Asso:155721 , Asso:155738 , Asso:155745 , Asso:155746 , Asso:155894 , Asso:155946 , Asso:155973 , Asso:155988 , Asso:156022 , Asso:156038 , Asso:156046 , Asso:156061 .
QTL for Milk tetracosanoic acid content
Chr.1 : Asso:156382 , Asso:156403 . Chr.2 : Asso:156343 , Asso:156344 , Asso:156374 , Asso:156381 , Asso:156384 . Chr.3 : Asso:156264 , Asso:156332 , Asso:156337 , Asso:156347 , Asso:156361 , Asso:156362 , Asso:156363 , Asso:156370 , Asso:156373 , Asso:156378 , Asso:156387 , Asso:156395 . Chr.4 : Asso:156383 , Asso:156408 . Chr.5 : Asso:156355 , Asso:156365 , Asso:156389 . Chr.6 : Asso:156320 , Asso:156339 , Asso:156376 . Chr.7 : Asso:156263 , Asso:156300 , Asso:156330 . Chr.8 : Asso:156281 , Asso:156333 , Asso:156377 , Asso:156405 , Asso:156409 . Chr.9 : Asso:156331 , Asso:156334 , Asso:156350 , Asso:156353 , Asso:156354 , Asso:156358 , Asso:156366 , Asso:156388 , Asso:156399 . Chr.10 : Asso:156346 , Asso:156411 . Chr.11 : Asso:156348 . Chr.12 : Asso:156371 , Asso:156380 . Chr.13 : Asso:156265 , Asso:156319 , Asso:156321 , Asso:156364 , Asso:156390 , Asso:156393 , Asso:156394 , Asso:156396 , Asso:156404 . Chr.14 : Asso:156267 , Asso:156323 . Chr.15 : Asso:156278 , Asso:156368 . Chr.16 : Asso:156292 . Chr.17 : Asso:156268 , Asso:156325 , Asso:156360 , Asso:156385 , Asso:156485 . Chr.18 : Asso:156261 , Asso:156266 , Asso:156272 , Asso:156391 , Asso:156401 , Asso:156406 . Chr.19 : Asso:156349 . Chr.21 : Asso:156412 . Chr.22 : Asso:156314 , Asso:156375 , Asso:156392 . Chr.23 : Asso:156379 , Asso:156386 , Asso:156400 . Chr.24 : Asso:156367 , Asso:156402 . Chr.25 : Asso:156254 , Asso:156351 , Asso:156372 , Asso:156407 . Chr.26 : Asso:156357 . Chr.27 : Asso:156287 , Asso:156294 , Asso:156352 , Asso:156359 . Chr.28 : Asso:156369 , Asso:156397 , Asso:156398 . Chr.29 : Asso:156289 , Asso:156356 , Asso:156410 .
QTL for Milk tricosanoic acid content
Chr.2 : Asso:156529 . Chr.4 : Asso:156506 , Asso:156507 , Asso:156532 . Chr.8 : Asso:156524 . Chr.9 : Asso:156508 . Chr.10 : Asso:156496 , Asso:156498 , Asso:156530 , Asso:156531 . Chr.12 : Asso:156505 . Chr.13 : Asso:156513 . Chr.14 : Asso:156501 , Asso:156523 . Chr.16 : Asso:156519 . Chr.19 : Asso:156503 , Asso:156504 , Asso:156510 , Asso:156517 , Asso:156525 . Chr.20 : Asso:156502 , Asso:156528 . Chr.21 : Asso:156526 , Asso:156527 . Chr.25 : Asso:156512 , Asso:156518 . Chr.29 : Asso:156515 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.X (3) ,
Chr.1 (29) ,
Chr.2 (38) ,
Chr.3 (38) ,
Chr.4 (30) ,
Chr.5 (25) ,
Chr.6 (26) ,
Chr.7 (42) ,
Chr.8 (20) ,
Chr.9 (29) ,
Chr.10 (36) ,
Chr.11 (25) ,
Chr.12 (22) ,
Chr.13 (35) ,
Chr.14 (43) ,
Chr.15 (20) ,
Chr.16 (16) ,
Chr.17 (28) ,
Chr.18 (26) ,
Chr.19 (36) ,
Chr.20 (26) ,
Chr.21 (37) ,
Chr.22 (26) ,
Chr.23 (25) ,
Chr.24 (22) ,
Chr.25 (24) ,
Chr.26 (21) ,
Chr.27 (28) ,
Chr.28 (20) ,
Chr.29 (33) .
Number of gene-based eQTL/associations:
