Authors: Sun C, VanRaden PM, Cole JB, O'Connell JR
(Contact: Chuanyu.Sun@ars.usda.gov ) Affiliation: University of Maryland School of Medicine, Baltimore, Maryland, United States of America Title: Improvement of prediction ability for genomic selection of dairy cattle by including dominance effects Journal: PloS One, 9(8): e103934 (2015)
DOI :
10.1371/journal.pone.0103934 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Milk yield
Chr.2 : Asso:163964 , Asso:163967 , Asso:163968 , Asso:163971 , Asso:163972 , Asso:163973 . Chr.3 : Asso:163875 . Chr.5 : Asso:163938 , Asso:163943 , Asso:163969 , Asso:163970 . Chr.6 : Asso:163932 , Asso:163933 , Asso:163935 , Asso:163940 , Asso:163941 . Chr.7 : Asso:163966 . Chr.9 : Asso:163910 . Chr.10 : Asso:163876 , Asso:163906 , Asso:163907 . Chr.12 : Asso:163873 , Asso:163900 , Asso:163903 , Asso:163908 . Chr.13 : Asso:163872 . Chr.14 : Asso:163869 , Asso:163870 , Asso:163871 . Chr.16 : Asso:163942 . Chr.18 : Asso:163934 . Chr.19 : Asso:163909 , Asso:163965 . Chr.20 : Asso:163902 , Asso:163904 . Chr.21 : Asso:163874 . Chr.22 : Asso:163878 , Asso:163905 . Chr.25 : Asso:163936 . Chr.26 : Asso:163877 .
QTL for Milk fat yield
Chr.X : Asso:163952 . Chr.2 : Asso:163887 . Chr.3 : Asso:163883 . Chr.4 : Asso:163886 , Asso:163888 , Asso:163917 . Chr.5 : Asso:163944 , Asso:163945 , Asso:163946 , Asso:163948 , Asso:163950 , Asso:163951 , Asso:163974 , Asso:163975 , Asso:163980 , Asso:163983 . Chr.7 : Asso:163976 , Asso:163977 , Asso:163982 . Chr.9 : Asso:163949 . Chr.12 : Asso:163916 , Asso:163918 , Asso:163981 . Chr.14 : Asso:163879 , Asso:163880 , Asso:163881 , Asso:163884 , Asso:163911 , Asso:163912 , Asso:163913 , Asso:163915 , Asso:163919 , Asso:163920 . Chr.16 : Asso:163953 . Chr.17 : Asso:163885 . Chr.18 : Asso:163947 . Chr.22 : Asso:163914 . Chr.23 : Asso:163979 . Chr.26 : Asso:163882 , Asso:163978 .
QTL for Milk protein yield
Chr.X : Asso:163955 . Chr.1 : Asso:163895 . Chr.2 : Asso:163984 , Asso:163988 , Asso:163990 , Asso:163994 . Chr.5 : Asso:163892 , Asso:163896 , Asso:163960 , Asso:163987 , Asso:163991 , Asso:163992 . Chr.6 : Asso:163897 , Asso:163954 , Asso:163959 , Asso:163963 . Chr.7 : Asso:163961 . Chr.11 : Asso:163899 , Asso:163928 . Chr.12 : Asso:163921 , Asso:163924 , Asso:163925 , Asso:163926 , Asso:163929 , Asso:163962 . Chr.13 : Asso:163893 , Asso:163927 . Chr.14 : Asso:163894 . Chr.15 : Asso:163930 . Chr.16 : Asso:163898 . Chr.18 : Asso:163956 , Asso:163986 , Asso:163989 . Chr.21 : Asso:163889 , Asso:163891 . Chr.22 : Asso:163922 , Asso:163931 . Chr.25 : Asso:163957 , Asso:163985 . Chr.26 : Asso:163958 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.X (2) ,
Chr.1 (1) ,
Chr.2 (11) ,
Chr.3 (2) ,
Chr.4 (3) ,
Chr.5 (20) ,
Chr.6 (9) ,
Chr.7 (5) ,
Chr.9 (2) ,
Chr.10 (3) ,
Chr.11 (2) ,
Chr.12 (13) ,
Chr.13 (3) ,
Chr.14 (14) ,
Chr.15 (1) ,
Chr.16 (3) ,
Chr.17 (1) ,
Chr.18 (5) ,
Chr.19 (2) ,
Chr.20 (2) ,
Chr.21 (3) ,
Chr.22 (5) ,
Chr.23 (1) ,
Chr.25 (3) ,
Chr.26 (4) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Sun C, VanRaden PM, Cole JB, O'Connell JR (2015). Improvement of prediction ability for genomic selection of dairy cattle by including dominance effects. PloS one, 9(8): e103934;
Curated into QTLdb on 2018-10-24. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=ElXm0K3KoQ
OR
Sun C, VanRaden PM, Cole JB, O'Connell JR (2015). Improvement of prediction ability for genomic selection of dairy cattle by including dominance effects. PloS one, 9(8): e103934; DOI: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0103934
