Authors: Sousa Junior LPB, Pinto LFB, Cruz VAR, Oliveira Junior GA, Oliveira HR, Chud TS, Pedrosa VB, Miglior F, Schenkel FS, Brito LF
(Contact: britol@purdue.edu ) Affiliation: Department of Animal Sciences, Federal University of Bahia, Salvador, Brazil Title: Genome-wide association and functional genomic analyses for body conformation traits in North American Holstein cattle Journal: Frontiers In Genetics, 15: 1478788 (2024)
DOI :
10.3389/fgene.2024.1478788 Links:
PubMed | Abstract
| Copy data link
( Related study: none )
Click on each trait to browse further along the related trait ontology tree
Click on each chromosome number to find the detailed QTL information on that chromosome
Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Body condition score
Chr.3 : Asso:313029 , Asso:313041 , Asso:313042 , Asso:313045 . Chr.5 : Asso:313040 . Chr.6 : Asso:313026 , Asso:313027 , Asso:313028 , Asso:313032 , Asso:313034 , Asso:313035 , Asso:313036 , Asso:313038 , Asso:313039 , Asso:313043 . Chr.21 : Asso:313044 . Chr.22 : Asso:313030 , Asso:313031 , Asso:313033 . Chr.28 : Asso:313037 .
QTL for Body depth
Chr.3 : Asso:313097 . Chr.5 : Asso:313058 , Asso:313075 , Asso:313084 , Asso:313092 . Chr.9 : Asso:313074 , Asso:313081 . Chr.11 : Asso:313046 , Asso:313053 , Asso:313063 , Asso:313083 , Asso:313098 , Asso:313102 , Asso:313103 . Chr.14 : Asso:313104 . Chr.20 : Asso:313047 , Asso:313048 , Asso:313049 , Asso:313050 , Asso:313051 , Asso:313052 , Asso:313054 , Asso:313055 , Asso:313056 , Asso:313057 , Asso:313059 , Asso:313060 , Asso:313061 , Asso:313062 , Asso:313064 , Asso:313065 , Asso:313067 , Asso:313068 , Asso:313069 , Asso:313070 , Asso:313071 , Asso:313072 , Asso:313073 , Asso:313076 , Asso:313077 , Asso:313078 , Asso:313079 , Asso:313080 , Asso:313082 , Asso:313085 , Asso:313086 , Asso:313087 , Asso:313088 , Asso:313089 , Asso:313091 , Asso:313093 , Asso:313094 , Asso:313095 , Asso:313096 , Asso:313099 , Asso:313100 . Chr.22 : Asso:313101 . Chr.26 : Asso:313066 , Asso:313090 , Asso:313105 .
QTL for Bone quality
Chr.18 : Asso:313115 , Asso:313116 . Chr.19 : Asso:313106 , Asso:313114 . Chr.20 : Asso:313108 , Asso:313109 , Asso:313110 , Asso:313111 , Asso:313112 , Asso:313113 , Asso:313117 , Asso:313118 . Chr.21 : Asso:313107 .
QTL for Chest width
Chr.3 : Asso:313132 . Chr.7 : Asso:313121 , Asso:313125 , Asso:313128 , Asso:313135 . Chr.11 : Asso:313120 , Asso:313122 , Asso:313123 , Asso:313124 , Asso:313127 , Asso:313130 , Asso:313131 , Asso:313134 . Chr.19 : Asso:313126 . Chr.28 : Asso:313119 , Asso:313129 , Asso:313133 .
QTL for Dairy capacity composite index
Chr.2 : Asso:313144 , Asso:313145 . Chr.8 : Asso:313136 , Asso:313137 , Asso:313138 , Asso:313139 , Asso:313141 , Asso:313142 , Asso:313143 , Asso:313148 , Asso:313149 , Asso:313151 , Asso:313154 , Asso:313158 , Asso:313160 , Asso:313162 . Chr.9 : Asso:313157 . Chr.19 : Asso:313140 , Asso:313150 . Chr.20 : Asso:313146 , Asso:313152 , Asso:313153 , Asso:313159 . Chr.23 : Asso:313155 . Chr.25 : Asso:313147 , Asso:313156 . Chr.26 : Asso:313161 .
QTL for Feet and leg conformation
Chr.11 : Asso:313172 . Chr.13 : Asso:313163 , Asso:313167 , Asso:313168 , Asso:313169 , Asso:313171 , Asso:313175 . Chr.17 : Asso:313164 . Chr.18 : Asso:313165 , Asso:313166 , Asso:313170 , Asso:313173 . Chr.26 : Asso:313174 .
QTL for Foot angle
Chr.7 : Asso:313180 , Asso:313181 , Asso:313182 . Chr.9 : Asso:313179 . Chr.10 : Asso:313178 . Chr.12 : Asso:313176 . Chr.19 : Asso:313183 . Chr.20 : Asso:313177 .
QTL for Front leg conformation
Chr.11 : Asso:313184 , Asso:313186 , Asso:313190 . Chr.14 : Asso:313185 , Asso:313188 , Asso:313189 . Chr.16 : Asso:313187 .
QTL for Heel depth
Chr.1 : Asso:313195 . Chr.2 : Asso:313207 . Chr.4 : Asso:313203 , Asso:313209 . Chr.9 : Asso:313201 . Chr.11 : Asso:313199 . Chr.12 : Asso:313197 , Asso:313205 . Chr.15 : Asso:313198 . Chr.20 : Asso:313191 , Asso:313192 , Asso:313193 , Asso:313194 , Asso:313196 , Asso:313200 , Asso:313202 , Asso:313204 , Asso:313206 , Asso:313208 .
QTL for Body height
Chr.3 : Asso:313212 . Chr.8 : Asso:313211 . Chr.16 : Asso:313213 . Chr.17 : Asso:313210 .
QTL for Locomotion
Chr.5 : Asso:313222 , Asso:313223 . Chr.11 : Asso:313214 , Asso:313215 , Asso:313217 , Asso:313218 , Asso:313220 , Asso:313221 . Chr.23 : Asso:313216 , Asso:313219 .
QTL for Rear leg placement - rear view
Chr.2 : Asso:313233 . Chr.4 : Asso:313232 . Chr.6 : Asso:313235 . Chr.7 : Asso:313229 . Chr.9 : Asso:313225 , Asso:313231 . Chr.15 : Asso:313224 , Asso:313226 , Asso:313228 , Asso:313230 , Asso:313234 , Asso:313236 . Chr.18 : Asso:313227 .
QTL for Rear leg placement - side view
Chr.1 : Asso:313237 . Chr.7 : Asso:313238 , Asso:313239 , Asso:313240 . Chr.9 : Asso:313241 , Asso:313242 . Chr.12 : Asso:313243 . Chr.15 : Asso:313244 , Asso:313245 . Chr.17 : Asso:313246 . Chr.18 : Asso:313247 . Chr.19 : Asso:313248 , Asso:313249 . Chr.21 : Asso:313250 . Chr.25 : Asso:313251 .
QTL for Stature
Chr.1 : Asso:313252 , Asso:313253 . Chr.5 : Asso:313255 , Asso:313256 , Asso:313258 . Chr.10 : Asso:313254 . Chr.21 : Asso:313257 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (4) ,
Chr.2 (4) ,
Chr.3 (7) ,
Chr.4 (3) ,
Chr.5 (10) ,
Chr.6 (11) ,
Chr.7 (11) ,
Chr.8 (15) ,
Chr.9 (9) ,
Chr.10 (2) ,
Chr.11 (26) ,
Chr.12 (4) ,
Chr.13 (6) ,
Chr.14 (4) ,
Chr.15 (9) ,
Chr.16 (2) ,
Chr.17 (3) ,
Chr.18 (8) ,
Chr.19 (8) ,
Chr.20 (64) ,
Chr.21 (4) ,
Chr.22 (4) ,
Chr.23 (3) ,
Chr.25 (3) ,
Chr.26 (5) ,
Chr.28 (4) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Sousa Junior LPB, Pinto LFB, Cruz VAR, Oliveira Junior GA, Oliveira HR, Chud TS, Pedrosa VB, Miglior F, Schenkel FS, Brito LF (2024). Genome-wide association and functional genomic analyses for body conformation traits in North American Holstein cattle. Frontiers in Genetics, 15: 1478788;
Curated into QTLdb on 2025-01-28. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=CeBt4G6CeN
OR
Sousa Junior LPB, Pinto LFB, Cruz VAR, Oliveira Junior GA, Oliveira HR, Chud TS, Pedrosa VB, Miglior F, Schenkel FS, Brito LF (2024). Genome-wide association and functional genomic analyses for body conformation traits in North American Holstein cattle. Frontiers in Genetics, 15: 1478788; DOI: https://dx.doi.org/10.3389/fgene.2024.1478788
